为了实现自然通风，人们可以在阳光板温室侧墙或屋顶上设置窗户。一般地，阳光板温室侧窗有利于增加阳光板温室周边的通风，但开启面积有限。而阳光板温室天窗的开启面积则要大得多，且热空气上行，所以阳光板温室天窗能更有效地增加整个阳光板温室的通风能力，有利于促进整个阳光板温室均匀降温。

随着单体阳光板温室面积的不断扩大，对于提高阳光板温室通风能力，天窗比侧窗效果要好得多。借助开窗系统，阳光板温室侧窗和天窗可以根据需要开启或关闭。阳光板温室侧窗通常为连续窗，如果阳光板温室覆盖了玻璃、PC板等比较坚硬的材料，则采用连续齿轮齿条系统驱动；如果是薄膜等软材料，则可采用卷膜开窗系统。还有一个选择是使用充气保利窗，即通过气囊充气或放气，实现保利窗的闭合和开启。阳光板温室天窗可以设计成沿阳光板温室屋脊连续开启或者断续开启。如果是连续天窗，则用连续齿轮齿条系统驱动，每个天窗使用一套连续齿轮齿条系统。多个连续天窗也可用分动式齿轮齿条系统同时启闭，即开窗轴上的扭矩分配器与涡轮蜗杆减速器输入轴相连，一个涡轮蜗杆减速器驱动一个天窗。当天窗材料为薄膜时，也可采用卷膜开窗系统；如果是断续天窗，可从桁架式齿轮齿条系统、摇摆式齿轮齿条系统、立柱固定式齿轮齿条系统中任选一种驱动系统。其中桁架式齿轮齿条系统最为常见，摇摆式齿轮齿条系统应用很少，而立柱固定式齿轮齿条系统只是将桁架式齿轮齿条系统中驱动轴和齿轮移到了阳光板温室天沟下面，减少了开窗系统对入射光的遮挡，这是开窗系统的一种发展趋势。